Hoa Linh Lan là câu chuyện về tuổi trẻ của những “kẻ cô đơn vô tình quờ quạng thấy nhau trong cuộc sống”.

Vì một tai nạn ngoài ý muốn, mẹ Khánh sinh non. Điều này khiến cho Khánh bị dị tật tinh hoàn bẩm sinh. Vì việc này mà bố Khánh phát điên, với niềm tin mù quáng rằng mình đã gây ra tội lỗi oan nghiệt nên mới bị Thượng đế trừng phạt. Gia đình nhà nội hắt hủi mẹ con Khánh. Dù vậy, mẹ vẫn miệt mài ở bên, cùng Khánh vượt qua bệnh tật. Năm 3 tuổi, Khánh được phẫu thuật, và mọi việc tưởng như đã trở-lại-bình-thường.

Nhưng miệng lưỡi thế gian không cho cuộc đời Khánh được chảy trôi trong nhịp sống bình thường. Sự miệt thị, kỳ thị của cộng đồng đối với thằng-không-chim đi theo Khánh suốt những năm tháng tuổi thơ. Ý nghĩ bản thân là một con quái vật - không nam, cũng chẳng phải nữ - trở thành nỗi ám ảnh trong chuỗi ngày cô độc của Khánh. Nó sợ lắm nếu một ngày nào đó phát hiện ra mình quả thực không phải đàn ông, là một thằng-không-chim thực thụ. Vì thế, nó luôn cố gắng để trở thành người đàn ông, theo mọi cách mà nó nghĩ là giống đàn ông nhất. Nó được thầy cô cưng chiều còn các bạn gái thì ngưỡng mộ. Nhưng nó lại là cái gai trong mắt tất cả lũ con trai. Nó không hiểu rằng, chính sự hoàn hảo của mình đã khiến nó trở thành một thứ dị biệt, cá biệt trong cộng đồng. Nó cứ ngỡ, nó bị lũ con trai tẩy chay, đơn giản, vì chúng đều tin nó là thằng không chim thực thụ. Nó phải trốn chạy. Và nó đã ra nước ngoài học. Dần dà, nó đủ khôn lớn để hiểu rằng, “cái ấy” không dễ dàng gì tự nhiên “rụng” như ám ảnh thời thơ bé. Nhưng tuyệt nhiên, nó chưa từng nghĩ đến tình yêu. Nó vẫn tiếp tục là kẻ cô độc. Và rồi nó gặp Kat, cô gái lai mang hai dòng máu Âu - Á. Cô đẹp và hoang dã. Cô nghiện sex. Cô bị cộng đồng miệt thị là “con đĩ con”. Bản thân cô tự nhận mình là con mèo con hoang dại và đầy khao khát. Kat thích Khánh. Còn Khánh, thậm chí chưa từng biết đến sự tồn tại của cô. Thế nên, Kat vẫn mải miết theo đuổi những cuộc rượt đuổi ái tình. Còn Khánh vẫn tận tụy với nỗi cô đơn của riêng mình. Rồi một tối nọ, họ cũng đến với nhau, dù rằng với Kat, Khánh không hề có tình yêu. Và từ đó, họ đã bắt đầu một mối quan hệ phức tạp, không tình yêu nhưng có rất nhiều tình thương. Để rồi hai năm sau đó, họ quyết định kết hôn. Với Khánh, vẫn không phải vì tình yêu, mà đơn giản, vì anh không muốn để một người con gái phải đợi chờ mình mòn mỏi, như mẹ anh đã mỏi mòn cả đời để đợi chờ người cha tâm thần của anh trong vô vọng. Nhưng… Khánh phát hiện mình bị ung thư cơ quan sinh dục. Anh từ hôn mà không nói rõ lý do. Kat tuyệt vọng. Kat tự tử.

Cũng thời điểm đó, ở Berlin, họ tình cờ gặp lại Linh Lan - bạn học lớp 9 của Khánh. Nhưng Khánh không nhận ra cô. Điều này, làm cô rất đau lòng. Bởi, từ ngày thơ dại ấy, cô đã đem lòng yêu Khánh. Tình yêu đó cứ lớn dần lên theo năm tháng cùng với nỗi cô đơn âm ỉ. Cô không biết rằng, Khánh ghét cái tên Linh Lan, vì nó gợi nhắc về truyền thuyết một loài hoa sinh ra từ nỗi đau của những kẻ thất bại, bị ruồng bỏ, vì nó khiến anh bắt gặp chính mình trong đó. Điều đáng ngạc nhiên là anh nhận ra, cô gái ấy không mang dáng vẻ ủ dột và đáng ghét của một kẻ trốn chạy. Anh cảm nhận ở cô ấy, có nỗi thất vọng và cả sự chờ đợi. Anh thấy trong từng điệu cười, ánh mắt của cô, một sự thân quen kỳ lạ. Anh không ngăn được mình thôi bị cám dỗ bởi ước muốn được ngồi cạnh và tựa đầu vào vai Linh Lan. Giờ đây, tuy thấp thỏm giữa bờ vực của một kẻ sắp không còn sự sống… thì cái gì đó trong Khánh hồi sinh, như thể nó chưa bao giờ chết đi… Đó là NIỀM TIN. Anh trở về Việt Nam, đột ngột như một cơn gió, với ước nguyện gặp lại người cha điên loạn, trước khi sắp sửa kết thúc cuộc sống của một kiếp-người-lạ. Kat theo anh về Việt Nam ít ngày sau đó, với nỗ lực níu kéo, không muốn buông tay sau lần chết hụt. Cũng lúc này, Linh Lan đã về Việt Nam, với ước nguyện làm sống lại ký ức, dù buồn đau, và với niềm hy vọng mong manh: ru cho tình yêu vô vọng với Khánh được ngủ yên. Tình cờ, Khánh và Linh Lan gặp lại nhau, nơi cổng trường cấp 2 nhiều kỷ niệm. Như một giấc mơ, họ lặng lẽ trao nhau nụ hôn nồng nàn. Nhưng không tin rằng có thể đưa lại tương lai cho Linh Lan, Khánh đau đớn từ chối tình yêu dành cho cô. Họ lại tiếp tục đi về hai hướng.

Đúng lúc ấy, Kat vô tình phát hiện ra căn bệnh của Khánh. Cô lặng lẽ rời Việt Nam, trả lại cho Khánh sự tự do. Với niềm hy vọng: tình yêu anh dành cho Linh Lan, người con gái kỳ lạ - sẽ làm nên sức mạnh để anh vượt qua ranh giới sống - chết. Vì yêu, cô đã miệt mài “chạy” theo anh, không mệt mỏi, suốt hai năm trời. Ngay cả sự rời bỏ này, cũng là một cách để cô tiếp tục yêu anh.

Để rồi, tình yêu của Khánh và Linh Lan đã thực sự bắt đầu, và làm nên điều kỳ diệu.